頂空進樣器由于操縱氣體，取樣技術也有所不同。如果不定量或者僅僅以限定樣品作為對象，用通常的液體進樣注射器就行了，氣密性注射器也可以，但是可以想像要*除掉濃縮成分或注射器氣密面出來的殘余成分并非很容易。由于此緣故，進行了代替注射器的方法開發。
隨著研究院、檢測機構、學校教學實驗室的不斷增加，其故障檢測設備會影響研發和分析數據的準確性。頂空進樣器的故障原因判定：
1、儀器出現故障時間，使用條件是否和儀器正常時一致（是否修改參數、更換隔墊等），如果一致可排除傳輸進樣針堵塞，此時可以先確定閥循環設定時間是否正確；
2、如果更換過進樣口隔墊，重點確認下進樣針是否堵塞；
3、如果更換過GC毛細柱或操作流量，請確認載氣壓力調節的是否合適；
4、如果操作條件和以前保持一致，但無峰，直接GC進樣確認GC是否正常；如果GC正常但連接頂空不出峰，頂空進入手動測試模式，確認電磁閥、六通閥等是否工作正常；
5、如果手動模式都正常，則通過做樣觀察否有堵塞現象：連接出口到水容器里，做樣時沒有泡或出泡緩慢等表示有堵塞，則需依次確認取樣針、定量環、六通閥、排空閥等是否有堵塞。
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